«Սնունդը՝ շան լափ, կեղտ ու ոջիլ, միակ բուժումը՝ մեկուսացում և անտարբեր վերաբերմունք»․ Կոմիտաս

1915 թվականի ապրիլի 24-ին երիտթուրքական վարչակարգը շուրջ 600 հայ մտավորականների հետ ձերբակալեց նաև Կոմիտաս Վարդապետին և աքսորեց Չանղր (Կոստանդնուպոլսից 800 կմ հեռու)։ Երկու շաբաթ անց եվրոպական և ամերիկյան դեսպանների միջնորդությամբ նա ազատ արձակվեց և վերադարձավ Կոստանդնուպոլիս։ Աքսորից վերադառնալուց հետո Կոմիտաս Վարդապետի առողջական վիճակը կտրուկ վատացավ։ Եղեռնի քստմնելի դրվագները, իր աշխատանքների կորուստը ծանր ազդեցին Վարդապետի նուրբ և զգայուն ներաշխարհի վրա, և նա կորցրեց հոգեկան անդորրը՝ ծանր և խորը վերապրելով իրականության և իր ժողովրդի կործանման ողբերգությունը։ Վարդապետի մոտ ակնհայտորեն խորանում էին հետապնդման մանիայի ախտանշանները, և ըստ հուշագիրների՝ յուրաքանչյուր ցնցում և ձայն սարսափեցնում էր նրան։ Վարդապետին թվում էր, թե թուրքերն անընդհատ հետապնդում են իրեն, ուստի և նա ձգտում էր բացարձակ միայնության և լռության, հաճախ չէր ընդունում իր վաղեմի բարեկամներին և ծանոթներին, իրեն տեսնել ցանկացող երկրպագուներին։ Բժշկապետ Վահրամ Թորգոմյանը 1916 թվականի աշնանը, խորհրդակցելով Կոստանդնուպոլսի հայտնի հոգեբույժ դոկտոր Գոնոսի հետ, Վարդապետին տեղափոխեց Շիշլիի հիվանդանոցը, ուր Վարդապետը մնաց մինչև 1919 թվականը։ Իր պայծառատեսության պահերին նա բազմիցս բողոքել է հիվանդանոցի անտանելի պայմաններից. «Սնունդը՝ շան լափ, կեղտ ու ոջիլ, միակ բուժումը՝ մեկուսացում և անտարբեր վերաբերմունք»։ Առաջին համաշխարհային պատերազմի ավարտից հետո հայ գաղութը Վարդապետի վիճակը բարելավելու նպատակով որոշեց նրան ուղարկել Ֆրանսիա։ 1919 թվականի ապրիլին Կոմիտասին տեղափոխեցին Փարիզի Վիլ-Եվրայի հոգեբուժարան, իսկ 1922 թվականի օգոստոսին միջոցների սղության պատճառով՝ Վիլ-Ժուիֆի հոգեբուժարան, ուր Վարդապետը մնաց մինչև իր կյանքի վերջը։ Իրականում Կոմիտաս Վարդապետի հիվանդության վերաբերյալ կան բազմաթիվ վարկածներ։ Մինչ օրս նրա հիվանդությունն ու մահվան ստույգ պատճառը մնում է անհայտ։ Վերջինս անսպառ նյութ է հանդիսանում գիտական և պատմական ուսումնասիրությունների, քննարկումների համար։ Կոմիտաս Վարդապետը վախճանվեց 1935 թվականի հոկտեմբերի 21-ին առավոտյան ժամը 6-ին Վիլ-Ժուիֆի հիվանդանոցում՝ գարշապարի թարախակալումից առաջացած բարդությունների հետևանքով։ Մահից հետո ստեղծվեց Կոմիտաս Վարդապետի մահադիմակը։ 1936 թվականին նրա աճյունը փոխադրվեց Երևան և թաղվեց Կոմիտասի անվան պանթեոնում։