«Շղթաների մեջ ծնվում, ապրում և մեռնու՞մ ես, դու ես մեղավոր, որովհետև թույլ ես»․ Գարեգին Նժդեհ
Նժդեհն իր մասնակցությունն է բերում 1942 թ-ի դեկտեմբերին Բեռլինում ստեղծված ու մինչև 1943 թ-ի վերջը գործած Հայ Ազգային խորհրդի աշխատանքներին, որի օրգան, «Ազատ Հայաստան»-ի փոխխմբագիրն էր։
1944 թ-ի սեպտեմբերին խորհրդային զորքերը մտան Բուլղարիա։
Կասկածելով Գերմանիայի հետ գաղտնի կապեր ունենալու մեջ, 1944 թ-ի հոկտեմբերի վերջերին, խորհրդային «Սմերշ» բանակային հակահետախուզության գլխավոր վարչության աշխատակիցների կողմից Նժդեհը ձերբակալվում է։ Նրան տեղափոխում են Բուխարեստ, այնտեղից՝ ինքնաթիռով Մոսկվա և բանտարկում Լյուբյանկայում։ 1946 թ-ի նոյեմբերին, Նժդեհին Մոսկվայից ուղարկում են Երևան, ուր դատաքննությունը ավարտվում է 1948 թ-ին. Նժդեհը դատապարտվում է 25 տարվա բանտարկության, ժամկետը հաշվելով 1944 թ-ից (ի դեպ, դատավճիռը կայացվել է ապրիլի 24-ին)։
Նժդեհի ձերբակալությունից հետո, ընտանիքը (կինը և զավակը) Սոֆիայից աքսորվում է Բուլղարիայի Պավլիկենի քաղաքը։
1947 թ-ին Նժդեհը խորհրդային կառավարությանն առաջարկում է հանդուգն մի ծրագիր. սփյուռքում ստեղծել համագաղութային ռազմաքաղաքական կազմակերպություն՝ «Հայկական իռեդենտա», որի նպատակը պետք է լիներ Արևմտյան Հայաստանի ազատագրումը և նրա վերամիավորումը Խորհրդային Հայաստանին։
Առաջարկության մեջ Նժդեհը հանգամանալից անդրադառնում էր այդ կազմակերպության ստեղծման՝ պատմականորեն թելադրված անհրաժեշտությանը, նրա ապագա գործունեության ձևերին, կառուցվածքին և այլն։ Թեև Նժդեհի առաջարկությունը լրջորեն հետաքրքրեց խորհրդային ղեկավարներին և մի քանի տարի շարունակ ուսումնասիրվում էր ամենատարբեր ատյաններում, սակայն, ի վերջո, այն մերժվեց։
1948-1952 թթ-ին Նժդեհը գտնվում է Վլադիմիրի բանտում, այնուհետև, մինչև 1953 թվականի ամառը՝ Երևանի բանտում։ Նժդեհին երկրորդ անգամ Երևան բերվելը, ինչպես վկայում է նրա բանտակից Հովհաննես Դևեջյանը, պայմանավորված էր նրանով, որ Նժդեհը դիմում էր գրել խորհրդային ղեկավարությանը՝ առաջարկելով իր միջնորդությունը Դաշնակցության և խորհրդային իշխանության միջև հասկացողություն և գործակցություն ստեղծելու համար։
Այս խնդրի շուրջ երկար խոսակցություններ են տեղի ունենում Հայաստանի անվտանգության նախարարի հետ, որոնց արդյունքում, 1953 թվականին, Նժդեհն ու Դևեջյանը Երևանի բանտից, համատեղ, նամակ են գրում Ս. Վրացյանին հորդորելով նրան մերձենալ ռուսներին հակաթուրքական հողի վրա։ Սակայն, Մոսկվայում նպատակահարմար չգտան նամակը ուղարկել և այն մնաց որպես միայն փաստաթուղթ։
Այնուհետև, Նժդեհին նորից տեղափոխում են Վլադիմիր, ուր և մահանում է 1955 թվականիի դեկտեմբերի 21-ին։
Ստանալով բանտային վարչության հեռագիրը Նժդեհի մահվան մասին, եղբայրը՝ Լևոն Տեր-Հարությունյանը, Երևանից շտապ մեկնում է Վլադիմիր։ Նրան հանձնվում են եղբոր զգեստն ու ժամացույցը, իսկ ձեռագրերը՝ ոչ։ Թույլ չի տրվում նաև մարմինը տեղափոխել Հայաստան։ Լևոնը կատարում է եղբոր թաղումը, գերեզմանը ցանկապատել տալիս ու տախտակի վրա, ռուսերեն, պատվիրում գրել՝ Տեր-Հարությունյան Գարեգին Եղիշի (1886-1955)։
Իր մահից տասնամյակներ անց՝ 1992 թ-ի մարտի 30-ին, Նժդեհը անկախ Հայաստանի Հանրապետության դատախազության կողմից արդարացվեց։